Magistritöö „Pinnase, matmise ja hoiustamise aja mõju vana DNA säilimisele Eestist leitud inimluudes“ materjalid. 

Kontakt: Mairi Kaseorg
mairi.kaseorg@gmail.com
Tartu Ülikool, ajaloo ja arheoloogia instituut
Jakobi 2, Tartu


Algselt oli kogu töö käigus kasutatav informatsioon fragmenteeritud ja hajutatud erinevate institutsioonide, teadusprojektide ja kaevamisaruannete andmetabelitesse. Seoses sellega oli vajalik teave koondada ja organiseerida ühtseks tervikuks. Eesmärk oli koondada kontekstiteavet DNA eraldamiseks kasutatud arheoloogiliste luude kohta (nt labori identifikaator, projekti nimi, anatoomiline element). Sellest olulisem oli käesoleva töö statistlilisteks analüüsideks vajalik tasutainfo, mis jaotus kolmeks: arheoloogiline (nt muistise nimi, matusetüüp ja kontekst, dateering), keskkondlik (nt koordinaadid, mullaliik) ja bioloogiline (nt endogeense DNA protsent, CT asendused). 

Exceli formaadis andmebaas sisaldab infot sisaldab kõikide vanaDNA proovide asukohapõhist taustainfot, mis on Eesti arheoloogilistest luudest Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti biokeskuse puhaslaboris eraldatud vahemikus 01.04.2014–15.03.2022. 

Kõikide analüüsis kasutatavate DNA-d sisaldanud luude kohta koostati ka arheoloogilise tausta uuringud. 
Andmebaasis kättesaadav info on järgmine.
?	Proovide identifikatsiooniga seotud info:
1. Tartu Ülikooli genoomika instituudi puhaslaboris kasutatud proovi identifikaator, nn ID number (ingl LabID).
2. Arheoloogilise proovi laborisse jõudmise kuupäev (ingl Intake Date).
3. Projekt, mille käigus proovi analüüsiti. 
4. Tartu Ülikooli genoomika instituudi vana DNA andmebaasis dokumenteeritud muististe nimed (ingl Site Short ID, Archaeological Site ID Official).
?	Arheoloogiline informatsioon: 
5. Luu/hamba peanumber. 
6. Muistise täpne asukoht (maakond, koordinaadid). 
7. Arheoloogiline taustainfo (nt matusetüüp analüüsiks). 
8. Kalmetüüp ja number. 
9. Matuse kontekst. 
10. Matuse ja/või luustiku number. 
11. Luukogumi/luu nr. 
12. Matuse sügavus. 
13. Kaevanud arheoloog(id). 
14. Kaevamiste algus- ja lõpuaasta. 
15. Kas on tehtud radiosüsiniku dateering või on dateering kontekstipõhine, vastavalt sellele konteksti põhine dateering algus, konteksti põhine dateering lõpp, 14C dateering, 14C labori identifikaator (ingl Lab ID), 14C kalibreeritud dateering algus, 14C kalibreeritud dateering lõpp, 14C kalibreeringu tõenäosus (kasutati OxCal 4.4 programmi (Bronk, Ramsey 2020) IntCal 20 andmestikuga (Reimer jt 2020)).
?	Keskkonnaga seotud informatsioon: 
16. Asukohapõhine mullastiku info (EstSoil I ja II lõimis ning nende sügavus mm, USDA texture class I ja II lõimis ning nende sügavus mm, Maa-ameti Mullastiku kaardi I (ja II) mulla tüüp ning Ain Kulli määratud asukohapõhised pH tasemed).
?	Bioloogiline informatsioon: 
17. Bioloogiline taustainfo (sugu, proovi tüüp, anatoomiline element). 
18. Endogeense DNA protsent, keskmine genoomne katvus, CT asenduste arv. 
?	Muu info:
19. Arheoloogiline periood, foto luust vahetult enne proovi võtmist, proovi eest vastutav kontakt geneetikute seas ja kontakt arheoloogide seas. 

Andmebaasis in ka DNA-ta proove, mis pärinesid muististelt, kust õnnestus siiski saada DNA-d teistest luudest.